救助に来ていたゼナ達と合流したサトゥーは、正体を隠してトラブルの元凶である魔族を討伐し「勇者」の称号を手に入れる。
　その後、リザ達たちの身元を引き受けるべく奴隷商人の元へ。そこで出会ったのは、前世の知識を持った紫の髪を持つ少女だった。

　ホムンクルス・ナナ達の妨害を突破し、頂上に辿り着いたサトゥーはゼンに目的を問う。
　ゼンの答えは勇者に自らを殺して欲しいというもの。転生者であり、神の祝福によって死ぬことが許されなかった彼を葬れるのは、勇者が振るう聖剣だけだったのだ。
　サトゥーはその願いを聞き届けた後、主を失い崩れゆく揺り篭からミーアとホムンクルスたちを救い出す。
　ミーアを故郷であるエルフの里に送り届けることにしたサトゥーは、ミーアとナナを新たな仲間に加え、セーリュー市から旅立つのだった。

　しかし、魔法薬の材料不足の原因は別にあった。
　『幻想の森』に街を築こうという野望をもつクハノウ伯爵の補佐官が、盟約である魔法薬の納品を妨害するため、市場から材料を買い占めていたのだ。加えて、実力行使に出た補佐官の手の者により、納品されるはずだった魔女の魔法薬は全損。
　万事休すかと思われたが、サトゥーは新たに開発した魔法やスキルを駆使し、再生産することに成功する。最終的に、補佐官の悪事はクハノウ伯爵に露見し、成敗されるのだった。

　カリナとともに巨人の森に辿り着いたサトゥーは、自らの力を示し、ヒュドラの毒に冒された巨人の子供達の解毒を成し遂げたことで、彼らの信頼を得る。巨人たちから魔族に対抗できる魔封じの鈴をもらい、ムーノ領の執政官らに憑依していた魔族を討伐する。
　しかし、魔族の策はそれで終わりではなかった。密かに繁殖させていた万を超えるゴブリンの大群が、ムーノ市に進行してきたのだ。サトゥーは変装して正体を隠し、巨人達とも協力してゴブリン達を撃破し、ムーノ領を蝕んでいた魔族を一掃する。
　その功績を称えて名誉士爵となったサトゥーは、家名としてペンドラゴンを名乗るようになるのだった。

　魔族たちの目的は、神託の巫女を生贄に捧げて魔王を復活させること。
　魔王信奉者達の手によってついに誘拐されてしまったセーラは、猪頭の魔王復活の依代にされ、命を落としてしまう。
　激闘の末、魔王を打倒したサトゥーは、かつて耳にした蘇生魔法を試すべく、一縷の望みをかけてテニオン神殿の巫女長の元を訪れる。
　サトゥーの協力によって蘇生は成功。セーラを待ち受けていた死の運命は回避されたのだった。

　賑やかで穏やかな日々が続くかと思いきや、武術大会決勝の日に闘技場に上級魔族が襲来。一般市民だけでなく要人が集まっているため、大きな混乱が生じる。人々を守るため、リーングランデはサガ帝国の勇者・ハヤトを召喚し、対抗を試みるものの、上級魔族が召喚した伝説の大怪魚達の前に絶体絶命の危機に陥ってしまう。
　勇者ナナシとしてその場に駆けつけたサトゥーはハヤトに加勢し、大怪魚を瞬殺。主犯の上級魔族を倒し、平和を取り戻すのだった。

　知り合った人々に惜しまれながら、サトゥーも仲間達とミーアの故郷であるエルフの里に向けて旅立つ。道中の魔狩人の街で再び黒竜と戦うことになったサトゥーは、一対一の戦いながら引き分けを演じて黒竜の友人となり、難所の山脈を越える助力を得ることができたのだった。

　しかし、平和なエルフの里に突如、害獣発生のしらせが入る。世界樹の天辺――宇宙空間に赴いたサトゥーが目にしたのは、世界樹に寄生する一万匹を越える害獣の群れ。これを駆除するためにサトゥーはエルフ達と知恵を絞り、疑似餌を使って世界樹から引き剥がす作戦が行われることになる。アイアリーゼと命懸けの作戦を決行したサトゥーは害獣の殲滅に成功し、彼女と絆を深めるのだった。

　ユーネイアを退けるも、レイ達の正体の謎は深まるばかり。そして、辿り着いた魔導王国ララギで、再び骸骨王と対峙することになったサトゥーは、ついに彼女たちの正体を知る。レイ――古代都市ララキエの最後の王女レイアーネこそ、ララキエ復活の鍵だったのだ。だが骸骨王と、彼が封印から解き放った魔王の眷属・海王をサトゥーが倒したことで、その野望は潰える。記憶を取り戻したレイとユーネイアは、ララキエをラクエン島と名付けて残る決意をし、迷宮都市に向けて旅立つサトゥーを見送るのだった。

　街に立ち込める瘴気や、路地裏に座り込む浮浪児、そして迷宮都市太守代理の不穏な行動。さらは迷宮にも来る探索者を狙う盗賊――迷賊まで出る始末。知り合ったノロォーク王国の王女・ミーティアを迷賊王・ルダマンの魔の手から助け出したサトゥーは、一連の悪事を企てていた太守代理が首謀者であることを摘発。その報酬として、迷宮都市の問題を解決する許可を得たサトゥーは、楽しい迷宮生活に向けて一歩前進するのだった。

　その貴族とは、太守の相談役・ポプテマ。彼は貴族の地位を笠に着て、浮浪児達を虐待するなどの凶行を繰り返していたのだ。彼を都市から放逐しても根本的な解決にならないと判断したサトゥーは、迷宮都市の浮浪児をゼロにしようと養護院の強化に力を入れる。さらに、先日捕らえた迷賊王・ルダマンから街に蔓延していた魔人薬の製法と、そのために迷賊のアジトに捕らえられた女性達の情報を入手。迷賊の残党を掃討し彼女達を助けたサトゥーは、迷宮都市で上級魔族が暗躍していることに気づく。上級魔族の手引きによって魔族と化し、脱獄して暴れるルダマンを再び下したサトゥーは、ポプテマを操り魔王復活を企んでいた上級魔族にも一矢報いるのだった。

　戦力の強化が整い、いざ区画の主に挑まんとするサトゥー達。しかし、先に区画の主に挑んでいた有力探索者・ザリゴンのパーティーが仲間の裏切りに遭い、壊滅しかかっていることに気づく。彼らを救出し、追ってきた区画の主の討伐した仲間達は、成長を実感するのだった。

　偶然その場に居合わせたサトゥーはヘルミーナに加勢し、無事にその場の騒動を収める。大砂漠に魔王の調査に向かう彼女を見送った後、サトゥーも階層の主に挑むべく、仲間達と準備を進めていく。迷宮の試練の間で階層の主を召喚しようとすると、そこに現れたのはなんと魔王・狗頭の古王。世界中の神殿を焼き払うという魔王の目的を聞いたサトゥーは、これと戦い流星雨の魔法で撃破。仲間達への元へと戻り、階層の主を倒す姿を見守るのだった。

　全マップ探査でゼナの位置を特定し、急行するサトゥー。迷宮の下層にある常夜城に辿り着いたサトゥーは、ゼナを無事救出。その城の主がゼナを助けてくれていたことを知ったサトゥーは、転生者らしきその人物――吸血鬼バン・ヘルシングと対話をするために訪問する。バンと打ち解けたサトゥーは、彼の友人である転生者ムクロとユイカを紹介される。ひと悶着あったものの、地球の料理で宴会をして仲を深めたサトゥーは、この世界の転生者とユニークスキルの真実と危険性を知るのだった。

　その道中、飛空艇に同乗するビスタール公爵の命を狙った謀反が発生。鼬帝国の技術を使った飛行型の魔物による襲撃を受けるも、強くなった仲間達の活躍もあって犠牲者を出さずにこれを撃退。襲撃者のあがきによって制御不能になった飛空艇をなんとか不時着させ、予定とは違う形で王都を訪れることになったのだった。

　そうしてシガ八剣と剣を交え、仲間達とともにシガ八剣に認められたサトゥー達。
　社交界の重鎮であるリットン伯爵夫人の園遊会でも存在感を示し、武と社交の双方で貴族達から一目置かれるようになったサトゥーのもとに、飛空艇不時着事件の際に助けたビスタール公爵からの招待状が届く。訪れた公爵邸で公爵を狙う襲撃者との戦いに巻き込まれることになったサトゥー。襲撃者の中には、妻子を人質に取られ参加しているゴウエンの姿もあった。劣勢を悟り、魔族と化したゴウエンに対し、サトゥーが勇者ナナシとして参戦し直し、事態を収拾することに成功するのだった。

　赤縄の魔物が、かつて倒した魔人薬を過剰摂取した迷賊と似た能力を持っていることに気づいたサトゥーは、落ち着いて王都観光を楽しむために事件解決に協力することに。ナナシとして国王に魔物の件を報告したサトゥーは、エチゴヤ商会のネットワークも駆使して魔物の目撃情報を収集。その後、赤縄の魔物が王桜の咲かない原因ではないかと推理したシスティーナとともに魔物の出現地点の調査に赴き、手がかりを見つけるも、その先で調査は行き詰まってしまう。
　事件は迷宮入りになるかと思いきや、王都周辺の魔物を一掃するための「魔禍払い」の儀式当日に王都を犯人が襲撃。さらに参加していたパリオン神国の枢機卿が魔王信奉者であることが分かり、儀式のために集めた瘴気を使って魔神の落とし子が召喚されてしまう。サトゥーは勇者ナナシとして参戦し、仲間達と駆けつけた王祖ヤマト・シガによって事態を収めた後、満開の王桜を楽しむことになるのだった。

　仲間達が王立学院の特別授業に参加するのに同行したり、宰相が主催するゲテモノ食事会に参加したりしているうちに、いよいよオークションの日。圧倒的な財力をフル活用してオークションを制するも、指輪は怪盗に盗み出されてしまう。ヒカルや仲間達の助力もあって無事に取り戻すことに成功し、いよいよ指輪を使うことに。しかし、アリサとルルは自分の世界のサトゥーとの再会を望むヒカルに使用権を譲るのだった。

　そこでアリサとルルに「強制（ギアス）」をかけた宮廷魔術師が敵国ヨウォーク王国に寝返っているという情報を入手したサトゥーは、彼女達を奴隷の身から解放するために行動を開始する。ヨウォーク国王と謁見し、魔術師が旧クボォーク王国の地下迷宮に潜伏していることを突き止めたサトゥーは攻略を進め、迷宮主となっていた魔術師を打倒。迷宮核に囚われていたクボォーク王族の魂を解き放ち、アリサとルルもついに奴隷ではなくなったのだった。

　戦いは仕切り直しになるかと思いきや、聖都の大聖堂を魔王が強襲。これをなんとか退けたサトゥーは、全マップ探査を使い、魔王がある特定の地点にしか逃げられないことを突き止める。サガ帝国の騎士やパリオン神国の神殿騎士も加わった大規模な魔王討伐作戦が開始され、ハヤト一行と協力して魔王を撃破。勇者としての務めを果たしたハヤトは元の世界へと帰還することになり、サトゥーはそれを彼の仲間達とともにを見送るのだった。

　よくあることだと取り合わない教師に違和感を覚えたサトゥーは、独自に捜査を開始。「才ある者」の里は、スキルを「才渡り」と呼ばれる儀式によって取り上げるための場所だったことが分かる。儀式の要である聖女――魔王シズカを保護したサトゥーは、彼女から一連の黒幕が賢者であるという情報を得る。
　一方、聖都では上級魔族による扇動によって、法皇が魔族であるという噂が広まり暴動が発生。ナナシとして駆けつけたサトゥーだったが、すでに法皇はユニークスキルの使いすぎによって魔王化してしまっていた。しかし、機転を利かせシズカと協力したサトゥーによって、原因であるユニークスキルを取り上げ法皇は一命をとりとめる。一族の復興という野望が潰え追い詰められた賢者は、魔王となって立ちはだかるもナナシの前に敗北。賢者をそそのかし、サトゥーとも迷宮都市から因縁のあった上級魔族も、神剣によって滅せられるのだった。

　訪れた島で竜の卵を巡る陰謀に巻き込まれたサトゥー達は、そこで魔神の呪詛に侵食された敵と戦う。続いて訪れたオーベェル共和国で顕現した女神テニオンから世界の外敵である「まつろわぬもの」の存在を聞かされる。さらに、その出現の情報を伝えられ、女神カリオンとウリオンも伴ってピアロォーク王国に赴く。そこでは「まつろわぬもの」が封印を解かれ、今まさに災厄を振りまこうとしているところだった。二柱の女神は神の力でこれを押し留めようとするものの、「まつろわぬもの」本体は復活してしまう。サトゥーは勇者ナナシとなり、チート全開で作成した黄金鎧を装備した仲間達――黄金騎士団とともに「まつろわぬもの」に立ち向かい、神剣によって討滅。世界の危機を救うのだった。

　そんな中、アンデッドの大群が要塞都市に攻めてくる。大魔女や冒険者とともに防衛戦に参加したサトゥーは、主犯であった死霊術師を捕らえることに成功する。しかし、さらにその背後では上級魔族が糸を引いていたことが判明。これらを退けた要塞都市には平和が戻り、ロロの店も大魔女のお墨付きを与えられることになったのだった。

　要塞都市に戻ったサトゥーが目にしたのは、瘴気に満ちた街と、呪われた大魔女アーカティアの姿。ロロまでも襲おうとした呪いを祓い、状況を大魔女に確認したサトゥーは、呪いの犯人が彼女の血族にしか使えない秘宝を狙っているであろうことと、ロロが大魔女の子孫であるため狙われた可能性があることを知る。
　勇者ナナシとして解決に乗り出したサトゥーは、犯人の悪魔召喚士と復活した魔王、そして協力していた上級魔族を撃破。大魔女の称号をアーカティアから継承したロロによって、要塞都市も守られるのだった。

　聖骸巨神が封印されていた経緯に疑問を持ったサトゥーが迷宮都市で調査を行っていると、神託を受けたセーラから王都に災禍が迫っているという話を聞き、王都に戻ることに。そこでは、圧倒的な武力を見せつけ、王位を簒奪して大陸の覇者になることを目論むシャロリックの姿があった。反逆者となり手勢とともにクーデターを起こしたシャロリックは、自身も聖骸巨神を操り王を討つべく進軍。ヒカル達の奮闘によってシャロリックは捕らえられるも、聖骸巨神が暴走してしまう。しかし聖骸巨神と心を通わせたセーラと、サトゥー一行の活躍によって暴走は収まり、王都は救われるのだった。

　サガ帝国の戦力は、ハヤトの帰還後に召喚された経験の浅い新勇者のみ。炎と瘴気の海に沈むヨウォーク王国を目にしたサトゥーは、新勇者リク、カイと魔王との戦いに手を貸すことにする。
　しかし、魔王を倒してもまだヨウォーク王国には国を二分する後継者争いという火種が残っていた。その片方の首魁である魔女に疑念を抱いたサトゥーは、独自調査を開始。人造魔王を生み出す計画が背後にあることを知り、今回の魔王出現もその一環であったことを突き止める。
　勇者達とも敵対し、魔王となって立ちはだかる魔女達と出現した「まつろわぬもの」を下したサトゥーは、ヨウォーク王国の国境を越え、クボォーク王国を襲う魔物も殲滅。アリサの祖国を救い、王位継承権を正式に放棄したアリサとともに再び旅に出るのだった。

　しかし、セーリュー伯爵の反応は渋かった。領軍の兵士の損耗を防ぐために獣人奴隷を盾にするのは仕方のないことだという考えを伯爵は持っていたのだ。そこでサトゥーは、兵士そのものを鍛えて盾役を不要とするパワーレベリング計画を提案。引き換えに獣人奴隷の身柄と待遇の良化を要求し、武を尊ぶセーリュー伯爵はそれを承諾する。様々な障害がありつつも、サトゥーは兵士達の超絶強化を果たし、リザの憂いを払うのだった。

　王城を訪れ、封印された魔族を倒すものの、やはり災いらしきものに遭遇しなかったサトゥーは、次なる目的地ルモォーク王国へ。王族の誘拐事件が発生し解決するも、それは「雪と氷」とは関係がないことが判明。やはりキウォーク王国で災いは起こるものと判じた一行は、戻った先で正体不明の疫病が感染し始めたことを知る。その正体がかつて世界樹を襲った害獣由来の奇病菌糸によるものであることを突き止めたサトゥーは特効薬を作り出し、災いは回避された―――と思いきや、害獣の残骸から「まつろわぬもの」が出現。あらゆるものを塩に変える力を持つザイクーオン神の使徒と共闘するも大苦戦。仲間達の協力でなんとか「まつろわぬもの」を倒し、神託の災いを退けたのだった。

　そこにサガ帝国の新勇者セイギとユウキが介入し、戦争の調停を試みる。しかし、交渉は決裂。鼬帝国は魔法を得意とするマキワ王国への対策をしっかり行ってきており、一方的な戦況となる。侵略を止めるために正体を隠して参戦することにしたサトゥー一行は、新勇者達やネズとも協力して戦いを終わらせるだった。

　夢幻迷宮は今までの迷宮よりも殺意が高く、迷宮主の性格の悪さを感じるサトゥー。新勇者セイギのスキルで魔王の居場所を突き止め交戦するも、鼠の魔王は偽物だったことが判明。その背後に別の黒幕がいることが分かる。
　再度の攻略で勇者ソラが魔王を倒すも、黒幕であり迷宮主でもあった鼬帝国の神殿騎士に誘拐されてしまう。サトゥーは勇者ナナシとして単身で救助に向かい、「まつろわぬもの」となった神殿騎士を撃破。迷宮主を失い崩壊する夢幻迷宮から、仲間達とともに脱出するのだった。

　科学が普及した鼬帝国は、蒸気機関車が走ったり、神託スキルが忌避されていたりと、他の国と様子が大きく異なっていた。観光をしつつ、秘匿された都市――封印都市の場所を探るサトゥー達は、スラム街でついにその糸口を掴む。
　しかしそんな中、保護していたシズカが何者かに誘拐されてしまう。居場所を探るサトゥーだったが、その現在位置はちょうどサトゥーの近くにある封印遺跡。早速、救出作戦を開始したサトゥーは、この遺跡が神器の封じられている場所だと気づく。トラブルによって神器で封印されていた魔王が復活するも、弱点を見抜きこれを撃破し、依頼を達成するのだった。